Відповідно рішення виконкому Харківської обласної ради народних депутатів № 463 від 16.09.1985 у Московському районі міста Харкова з 01.01.1986 року відкрилась спеціальна загальноосвітня школа-інтернат для розумово відсталих дітей № 3 за адресою: 61121, м. Харків, проспект Тракторобудівників, 85-д.
З 10.10.2011 року школа-інтернат перейменована в Комунальний заклад “Харківська спеціальна загальноосвітня школа-інтернат №3” Харківської обласної ради.
У 2019 році за розпорядженням Харківської обласної ради було змінено тип та назву закладу освіти на КОМУНАЛЬНИЙ ЗАКЛАД «ХАРКІВСЬКА СПЕЦІАЛЬНА ШКОЛА № 3» ХАРКІВСЬКОЇ ОБЛАСНОЇ РАДИ
Багато років заклад освіти проводить плідну діяльність з навчання та виховання дітей, які мають порушення інтелектуального розвитку. Більше 1000 учнів пройшли підготовку в її стінах, отримали путівку в життя.
Основна задача закладу – соціальна адаптація, корекційна спрямованість, підготовка до самостійного життя.
Очолювали заклад протягом цих років директори:
1.Іванова А.В.(1985-1992)
2.Гончарова Н.М. з 18.11.1992 року